Tiếng Somali có 22 âm vị phụ âm.[9]

Những phụ âm /b d̪ q/ thường được phát âm thành [β ð ɣ] giữa hai nguyên âm.[12] Âm tắc đầu lưỡi vòm cứng /ɖ/ có khi trở nên phi tắc, và khi nằm giữa hai nguyên âm nó có thể biến âm [ɽ].[12] Vài người nói phát âm /ħ/ thành âm rung nắp thanh quản.[13] /q/ cũng thường được nắp thanh quản hóa.[14]

Ngôn ngữ này có năm nguyên âm cơ bản. Mỗi nguyên âm có dạng trước và sau, cũng như dạng dài và ngắn. Điều này tạo ra 20 âm nguyên âm khác nhau.

Cấu trúc âm tiết tiếng Somali là (P)N(P) (P: phụ âm, N: nguyên âm).